Фамилия Селеня — одна из тех, где сразу бросается в глаза окончание. Не «Селенов» и не «Селенин», а именно «-ня». Такая модель образования для русских фамилий редкость, и сразу подсказывает, что перед нами не великорусская, а скорее западнославянская или балтийская форма. Суффикс «-еня» характерен для белорусских, польских и украинских фамилий, где он часто выполнял роль уменьшительного или прозвищного. Если бы фамилия была исконно русской, она скорее всего звучала бы как «Селенин» (от прозвища Селеня — человека с какой-то особенностью, названного так в уменьшительной форме). Но форма без притяжательного суффикса «-ин» указывает на то, что перед нами застывшее прозвище, которое стало фамилией без дополнительной перестройки.

Корень «Сел-» в славянских языках чаще всего связан с понятием «село» или «селиться». Селеня — это мог быть человек, пришедший из села, сельский житель, или же тот, кто «осела» — обустроился на новом месте. В белорусском и украинском языках «село» звучит так же, и прозвище «Селеня» могли дать переселенцу или крестьянину, который перебрался в город, но сохранил деревенские привычки. Вторая, менее очевидная версия, отсылает к литовскому корню «selėti» — «сидеть, оседать». В пограничных с Литвой районах Беларуси фамилия могла возникнуть как калька с литовского прозвища «Sėdėtojas» (сидень). Но и в этом случае смысл близок: человек, который «осел» на земле.

Географически фамилия Селеня встречается не повсеместно. Основной ареал — западные области Беларуси (Гродненская, Брестская) и восток Польши (Подляшье). Это говорит о том, что носители фамилии — потомки крестьян или мелкой шляхты из этих земель. В России фамилия редкая, и, скорее всего, её принесли переселенцы с запада в ходе миграций XIX—XX веков.

Социальный контекст у фамилии простой: она не указывает на высокое происхождение. Селеня — это прозвище, которое закрепилось за крестьянином или ремесленником из сельской местности. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В польских метриках XVII—XVIII веков встречаются отдельные упоминания «Selenia» как прозвища мещан в местечках, но массового распространения фамилия не получила.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилии Селенов, Селин, Сельский — все они от того же корня «сел-», но каждая с разной историей. Селеня — самая редкая и самая «прозвищная» из них. Она сохранила живую, нестандартизированную форму, которая не поддалась унификации по великорусским образцам.