Фамилия Селигин — один из тех случаев, когда в основе лежит не имя, не профессия, а географическое название. Корень здесь прозрачен: озеро Селигер в Тверской области, одно из крупнейших в Верхневолжье. Человек, живший на его берегах или переселившийся оттуда, легко получал прозвище Селига или Селигер, а его потомки становились Селигиными.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Селигин, то есть сын или потомок Селиги. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давались по отчеству от имени, здесь акцент именно на прозвище по месту. В документах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и рыбаки с прозванием Селигер, что подтверждает бытовое, а не книжное происхождение.

Есть и более редкая версия: от древнерусского нецерковного имени Селига, которое могло быть производным от «селить» или «село». Но она слабее, потому что имя Селига нигде не зафиксировано как самостоятельное, а озеро Селигер — объект известный и дающий устойчивую привязку. Если бы фамилия была Селигин, а не Селигин, можно было бы говорить о связи с болгарским или южнославянским корнем, но ударение и написание указывают на северо-западный русский ареал.

Географически фамилия Селигин действительно тяготеет к Тверской, Новгородской и Псковской областям — то есть к региону вокруг Селигера. Встречается она нечасто, что логично: фамилии от названий озёр и рек обычно локальны и не давали массового распространения. Носители этой фамилии в прошлом — скорее всего, крестьяне или рыбаки, чьи предки жили на Валдайской возвышенности и чей родной край дал им фамилию без всякой выдумки.