Фамилия Селкина образована от прозвища или нецерковного имени Селка. Основа здесь — древнерусское слово «селка», которое означало «сельский житель», «крестьянин» или, в некоторых диалектах, «человек из села». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у потомков по мужской линии, фамилия Селкина стоит в ряду так называемых «матронимических» образований: суффикс -ин указывает на принадлежность к женщине. То есть исходное значение — «сын (или дочь) Селки», где Селка — женское имя или прозвище матери. Это не редкость для русских фамилий: например, Марьин, Дарьин, Акулинин построены по той же модели.

Параллельно существует и мужской вариант — Селкин, но именно форма Селкина фиксирует женский род основы. В дореволюционных метрических книгах и переписях встречаются записи о крестьянках с именем Селка, особенно в северных и центральных губерниях России. В некоторых говорах «селкой» могли называть и мужчину, который жил в селе, но не имел своего хозяйства, — батрака или пришлого работника. Однако в таком случае фамилия писалась бы через -ов: Селков. Суффикс -ин однозначно отсылает к женскому имени.

Географически фамилия Селкина тяготеет к регионам, где были распространены нецерковные имена: Вологодская, Архангельская, Костромская губернии. В этих местах до конца XIX века сохранялась традиция называть детей по месту рождения или занятию родителей, а суффикс -ка часто придавал имени ласкательный или уменьшительный оттенок. Таким образом, предки носителей фамилии Селкина — скорее всего, крестьяне из северных деревень, где женщину по имени Селка знали как «ту, что из села» или как дочь сельского жителя.

С точки зрения словообразования фамилия проста и прозрачна, но не так частотна, как однокоренные Селков или Сельский. Встречаются варианты написания с одной «л» — Селкина — и с удвоенной — Селлкина, но последний почти не зафиксирован в исторических документах. В современной России фамилия сохраняется в основном в сельской местности, что косвенно подтверждает её корни.