Фамилия Семеенко — украинская по происхождению, и её разговорная форма указывает на конкретный регион. В отличие от стандартного украинского суффикса -енко, который образует фамилии от имён и прозвищ (Семен → Семененко), здесь мы видим двойное «е»: Семеенко. Это не опечатка и не редкий вариант, а характерная черта восточноукраинских говоров, особенно слобожанских и полтавских, где в живой речи имя Семён звучало как Семе́й. От этой формы и пошла фамилия: Семей + енко, где «й» между гласными со временем выпало, превратившись в Семеенко. Таким образом, в основе лежит не просто имя, а его местное, диалектное произношение.

Основа фамилии — каноническое христианское имя Симеон, которое в русской и украинской народной традиции приняло форму Семён. Имя древнееврейское, означает «услышанный Богом». Суффикс -енко в украинской ономастике — классический показатель патронимичности, то есть «сын Семёна» или, точнее, «потомок Семея». В XVII–XVIII веках такие фамилии закреплялись прежде всего за казацкой старшиной, мещанами и свободными крестьянами, а не за крепостными, что косвенно указывает на социальный статус предка: он был лично свободным человеком, вероятно, реестровым казаком или хлеборобом на землях Гетманщины.

Интересно, что фамилия Семеенко встречается заметно реже, чем Семененко или Семенов. Это делает её более точным маркером происхождения: если человек носит именно Семеенко, а не Семененко, его предки с высокой вероятностью жили в узкой полосе от Харьковщины до юга Полтавщины, где «яканье» и стяжение гласных были нормой. В официальных документах XIX века такую фамилию могли записать и как Семеенко, и как Семеенков, но в украинской среде закрепился именно первый вариант. Другие версии — например, связь с греческой фамилией Семеос — маловероятны: для украинской антропонимии модель с -енко настолько типична, что искать иноязычный корень нет оснований.