Фамилия Семенекова — вариант женской формы от мужской фамилии Семенеков. В основе лежит имя Семён, которое восходит к древнееврейскому Шимон («услышанный Богом»). Но интерес здесь не в самом имени, а в суффиксальной модели: -ек-ов — редкая для русских фамилий цепочка. Чаще встречается просто Семёнов (от Семён) или Семеновский (от географического названия). Суффикс -ек- указывает на то, что исходное прозвище или имя было в уменьшительно-ласкательной форме — Семенек, то есть «маленький Семён» или «Семён-ребёнок». Такие формы были типичны для северных и центральных губерний России, где ласкательные прозвища легко закреплялись в качестве фамилий.

Географически фамилия Семенекова встречается нечасто, но прослеживается в Поволжье и на Урале. В метрических книгах XIX века можно найти записи о крестьянах и мещанах с этой фамилией в Вятской и Пермской губерниях. Это говорит о том, что предки носительницы фамилии, скорее всего, были государственными крестьянами или мастеровыми людьми, которые получили фамилию по прозвищу главы семьи — Семенек. Вероятно, так называли младшего сына Семёна или внука, чтобы отличить его от старших родственников с тем же именем.

В отличие от более распространённой фамилии Семенюков (с суффиксом -юк, характерным для западнорусских и украинских земель), Семенекова — чисто великорусская по модели образования. Ударение в фамилии падает на второй слог: Семенекова, что свойственно для фамилий с суффиксом -ек-ов. Если бы ударение стояло на последнем слоге (Семенекова), это указывало бы на украинское или белорусское происхождение, но в данном случае форма однозначно русская.

Таким образом, фамилия Семенекова — редкий пример сохранения уменьшительной формы имени в фамильном прозвище. Предки её носителей жили, скорее всего, в северо-восточной части России, занимались земледелием или ремеслом, а фамилию получили по имени или прозвищу Семенек, что значит «маленький Семён».