Фамилия Семенеев образована от имени Семеней — народной формы крестильного имени Симеон. В переводе с древнееврейского оно значит «услышанный Богом в молитве». Это имя было широко распространено на Руси, поэтому неудивительно, что от него пошло множество фамилий: Семенов, Семин, Семенюк, Семенченко и, конечно, Семенеев.

Разница между Семеновым и Семенеевым — в суффиксе. Форма Семеней возникла в разговорной речи как ласкательный или обиходный вариант имени. Такие формы с окончанием на -ей (-ей) в старину были обычным делом: Тимофей превращался в Тимошей, а Симеон — в Семенея. От этого уменьшительного имени и пошла фамилия: Семенеев буквально означает «сын Семенея», то есть потомок человека, которого в быту звали не полным именем, а коротким и домашним.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но любопытная. Она выводит основу фамилии от глагола «семенить» — идти частыми, мелкими шагами. Тогда прозвище Семеней могли дать человеку подвижному, быстрому, юркому. По такой логике родоначальник Семенеевых не любил размашистых и необдуманных действий, а привык действовать аккуратно, но активно. Однако ономастика чаще склоняется к первой версии: подавляющее большинство русских фамилий с таким суффиксом восходит именно к личным именам, а не к глаголам. Слишком уж соблазнительно видеть в любой фамилии на -еев отголосок профессии или поведения, тогда как имя Симеон в народных формах встречалось повсеместно.

Интересно, что фамилия Семенеев встречается заметно реже, чем Семенов. Причина в том, что патронимы от уменьшительных форм имен закреплялись в основном в крестьянской и мещанской среде, где человека могли записать в документы не по полному имени, а по тому, как его звали в деревне. Семеновых же — от полной формы — было больше, потому что так называли себя люди, желавшие подчеркнуть связь с церковным именем.

В написании фамилии часто путаются: встречаются варианты Семенеев и Семенеев с одним «е» в середине. Правильным считается двойное «е» — оно сохраняет форму исходного имени Семеней. Если же писать через одно «е», фамилия теряет связь с первоисточником и начинает читаться как Семен-еев, что неверно.

В целом род Семенеевых — это типичная русская семья, чьи предки носили распространенное крестильное имя, но в его народном, домашнем варианте. Такая фамилия говорит о том, что основатель рода был человеком простым, близким к земле, и в документах его записали не по церковному канону, а по живому деревенскому произношению.