Фамилия Семенина образована от мужского имени Семён через типичный для русского севера и некоторых центральных областей суффикс -ин. В этой модели фамилия указывает на принадлежность к главе семьи: Семенина — «жена Семёна» или «дочь Семёна», а впоследствии и потомки этой женщины. Однако есть нюанс: в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давались по отцу (Семёнов), форма на -ин нередко закреплялась за вдовой или за семьей, где главой считалась женщина. В быту это могло звучать как «Семениха» — так в деревнях называли жену Семёна, а уже от этого прозвища и пошла фамилия Семенина.

Само имя Семён — русская форма древнееврейского Симеон, означающего «услышанный Богом». В святцах это имя было одним из самых распространённых, поэтому крестьянских семей с таким родоначальником было множество. Фамилия Семенина нередко встречается в документах по Вологодской, Архангельской и Костромской губерниям — именно там суффикс -ин в фамилиях от имён на -а/-я (Семёна, Ильи, Никиты) был особенно устойчив. В южных и западных регионах ту же основу чаще оформляли как Семененко или Семенюк.

Интересная деталь: в некоторых говорах фамилию могли произносить с ударением на второй слог — Семени́на, подчёркивая принадлежность к роду Семениных, а не просто к Семёну. Это живое напоминание о том, как в устной речи различали «Семёнова» (сын) и «Семенина» (дочь или вдова). Сейчас вариант с ударением на третий слог (Семе́нина) стал общепринятым, но старые записи в метрических книгах порой двоят написание.

Фамилия недворянская, а крестьянская или мещанская. Среди носителей нет громких исторических фигур, известных за пределами узких кругов, — это фамилия трудового люда, у которой за плечами не гербы, а поколения пахарей и ремесленников. Встречается она и сегодня, в основном в центральной России и на Урале, куда переселенцы с севера увозили свой говор и фамильный суффикс.