Фамилия Семенин напрямую связана с крестильным именем Симеон, которое в народной русской традиции превратилось в Семён. Древнееврейское имя, лежащее в основе, означает «услышанный Богом в молитве». Это имя было одним из самых распространённых на Руси, поэтому и фамилий от него образовалось множество: Семёнов, Семичев, Семин, Семеновский и, конечно, Семенин.

В фамилии Семенин нас интересует редкий суффикс «-ин». Если большинство русских фамилий на «-ов» указывают на принадлежность отцу (чей сын? — Семёнов), то суффикс «-ин» в этом случае работает иначе. Обычно он присоединяется к основам на «-а» или «-я» (сын Фомы — Фомин, сын Ильи — Ильин). Здесь же мы видим форму «Семенин», которая могла возникнуть от разговорного, усечённого варианта имени — Семеня. В старину так могли ласково или, наоборот, пренебрежительно называть человека по имени Семён. Таким образом, Семенин — это буквально «сын Семени», но через промежуточную, более короткую форму имени.

Такая модель словообразования встречается реже, чем классическая, и часто указывает на северорусское или вятское происхождение рода, где любили усечённые имена. Впрочем, фамилия встречается и в других регионах, но её распространённость заметно ниже, чем у «Семёновых». Это делает её более локальной и конкретной, часто указывающей на одного конкретного предка, чьё прозвище Семеня закрепилось за потомками.

Интересно, что в основе фамилии лежит не церковная, а именно обиходная форма имени. Это говорит о том, что предки носителей фамилии были людьми простыми, далёкими от книжной грамоты, и в быту использовали ту форму имени, которая была привычна в их говоре. Семенин — это не «сын Симеона» из святцев, а «сын Семени», парня с соседней улицы. Эта простота и есть главная ценность фамилии — она сохранила живую народную речь, а не книжный канон.