Фамилия Семера — одна из тех, что ставят в тупик при первом взгляде. Слишком короткая, без привычного суффикса -ов или -ин, она выбивается из ряда типичных русских фамилий. И это ключ к разгадке: скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а украинская, белорусская или польская по происхождению, где такая модель (основа без наращения) встречается гораздо чаще.

В основе фамилии лежит личное имя Семер — вариант или производная форма от канонического имени Семён (древнееврейское Шимон — «услышанный Богом»). В украинском и белорусском языках имя Семён часто сокращалось до Сем, а затем через суффикс -ер (характерный для западнорусских говоров) образовывало форму Семер. Таким образом, Семера — это буквально «сын Семёна» или просто «Семён», но в уменьшительно-бытовой огласовке. Фамилия закрепилась без дополнительного суффикса, что типично для юго-западных земель Российской империи.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с прозвищем. В некоторых говорах «семерик» или «семера» могли называть человека, имеющего отношение к числу семь: возможно, седьмого ребёнка в семье или того, кто работал с мерой «семерик» (старая единица объёма или веса). Однако эта гипотеза слабее, так как прозвища редко застывали в такой краткой форме без суффикса принадлежности.

Географически фамилия Семера встречается преимущественно на Украине (особенно в западных областях), в Беларуси и в приграничных районах России. В центральных русских губерниях она практически не фиксировалась, что подтверждает её западнорусское происхождение. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами — фамилии без дворянских суффиксов (-ский, -цкий) редко встречались у знати.

В дореволюционных метрических книгах фамилию могли записывать по-разному: Семера, Семеря, а иногда и через «ѣ» — Сѣмера, что отражает местное произношение. После революции написание унифицировалось, и сегодня вариант Семера остаётся самым распространённым.