Фамилия Семнников — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с процессом или состоянием. В ней сразу бросается в глаза необычное сочетание: корень «семн» и двойное «н» в суффиксе.

Самая вероятная версия отталкивается от диалектного слова «семенить» или «семня». В северных и центральных говорах «семней» называли мелкого, суетливого человека, который ходит мелкими шажками, перебирает ногами. Такое прозвище могли дать непоседливому, торопливому или просто низкорослому человеку. Корень «сем-» здесь родствен слову «семя» — по смыслу мелкий, дробный. Двойное «н» в суффиксе (-ников) — не ошибка, а указание на то, что прозвище имело форму «Семенник» (человек, обладающий качеством «семни»), а уже от него образовалась фамилия.

Менее убедительная версия связывает фамилию с именем Семён. Если бы это был патроним от Семён, мы бы получили стандартную форму «Семёнов» или, в редких случаях, «Семеников» (от Семеня). Семнников с двумя «н» и выпавшей гласной — слишком сложная конструкция для прямого отчества. Поэтому версия с прозвищем выглядит куда логичнее.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку России. Встречается в старых переписях Вологодской и Архангельской губерний, а также в Сибири, куда переселенцы уходили из тех же мест. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком, получившим прозвище за свою манеру поведения или внешность — мелкий, быстрый, «семенящий».

Словообразовательная модель здесь нестандартная: суффикс -ник- (как в «сапожник» или «охотник») указывает на лицо по характерному действию или признаку, а не по родству. Это редкий случай для русских фамилий, когда прозвище на -ник закрепилось именно в такой форме, а не перешло в привычное -ов.