Фамилия Семеников образована от имени Семеник — так в старину называли не просто человека по имени Семён, а носителя особого суффикса, который указывал на принадлежность или свойство. В основе лежит каноническое имя Симеон (в русском обиходе Семён), что значит «слышащий Бога». Суффикс -ик в именах и прозвищах на Руси часто придавал уменьшительно-ласкательный или «сыновий» оттенок: Семеник — «маленький Семён» или «сын Семёна». Позже от этого прозвища возникла фамилия Семеников, то есть «потомок Семеника».

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа Семеник- плюс патронимический суффикс -ов, который закрепился за большинством русских фамилий. Важно, что Семеников — не единственная фамилия от этого корня. Есть Семёнов, Семенихин, Семенюк, и каждая из них указывает на разную эпоху или регион. Семёнов — самая массовая, от полной формы имени. Семеников же говорит о том, что предка звали не просто Семён, а именно Семеник, что встречалось реже и чаще в северных и центральных губерниях России, где были распространены уменьшительные формы на -ик.

Исторически Семениковы могли быть крестьянами или посадскими людьми. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии нередко фиксировались у «гулящих людей» или однодворцев. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского есть упоминание Семеника — крестьянина из новгородских земель, что подтверждает бытование имени в XVI веке. Фамилия не относится к дворянским, но и не была редкой: её носители встречаются в переписях Вологодской, Костромской и Вятской губерний.

Есть и менее очевидная версия: в некоторых говорах «семеник» могли называть человека, который «семенит» — ходит мелкими шагами или суетится. Однако это скорее народная этимология, чем научная гипотеза. Основной и надёжный путь — от имени Семён через форму Семеник.