Фамилия Семеникова образована от имени Семеник — уменьшительной формы одного из самых популярных на Руси крестильных имён Симеон. В народе это имя звучало как Семён, а от него пошли десятки производных форм: Семак, Семеха, Семеня, Семенко и, конечно, Семеник. Суффикс -ик в этом случае указывает на «малого» или «младшего» — Семеник мог быть сыном Семёна или просто человеком небольшого роста, которого в быту называли ласково-уменьшительно.

Фамилия Семеникова — женская форма, а мужская, Семеников, строится по типичной модели отчества на -ов. То есть буквально она означает «принадлежащая Семенику» или «из рода Семеника». Такие фамилии были распространены в среде крестьян и посадских людей: в XVI–XVII веках прозвище Семеник фиксируется в писцовых книгах северных уездов, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях. Там же позже встречаются и Семениковы — в метрических книгах и ревизских сказках.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от полных имён (Семёнов), форма с -ик и последующим -ов — признак прозвищного происхождения. Семеник могло быть не только именем, но и прозвищем человека, которого за глаза называли «Семёныш» или «маленький Семён». В некоторых говорах слово «семеник» имело и другое значение — так называли сорт ячменя или мелкую рыбу, но вряд ли эти значения легли в основу фамилии: географически она привязана к северным территориям, где прозвищные формы имён были особенно живучи.

В современных справочниках фамилия Семеникова встречается реже, чем Семёнов или Семенов, но это не делает её редкой — она вполне обычна для русских фамилий «второго ряда», не потерявших своей прозрачной внутренней формы. Носительница такой фамилии может с уверенностью сказать, что её предок был в родстве с человеком по имени Семён, которого в семье или в деревне называли коротко — Семеник.