Фамилия Семеникин — наглядный пример того, как русская фамилия строится не напрямую от полного церковного имени, а от его обиходной, народной формы. В основе лежит имя Семён, которое восходит к древнееврейскому Симеон — «услышанный Богом». Но между Семёном и Семеникиным стоит промежуточная ступень: уменьшительно-ласкательная форма Семеника. В русских говорах, особенно в южных и центральных губерниях, суффикс -ика активно использовался для образования имён прозвищного типа: Семеника, Вадика, Петрика. Такая форма звучала не как официальное имя, а скорее как домашнее, внутрисемейное прозвище — «маленький Семён».

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Семеникин буквально означает «чей?» — сын Семеники. Это типичная модель русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Важно, что ударение в фамилии падает на третий слог — Семени́кин, что отличает её от похожих, но не тождественных фамилий вроде Семе́никин (от Семеника) или Семёнкин (от Семёнка).

Географически фамилия Семеникин тяготеет к югу России — её следы встречаются в Воронежской, Курской, Ростовской областях, а также на Кубани. Это объясняется тем, что именно в этих регионах была распространена форма Семеника. В северных и сибирских говорах чаще бытовали варианты Семёнка или Сема, поэтому там больше распространены фамилии Семёнов, Семёнкин, Семакин.

В дореволюционных документах фамилия могла записываться по-разному: через «ѣ» (Семеникинъ), с одним «н» или с двойным — всё зависело от грамотности писаря. Однокоренные фамилии — Семенихин, Семеничев, Семенищев — образованы от других производных того же имени, но каждая из них несёт свой оттенок: Семенихин, например, от «Семениха» (жена Семёна), а Семенищев — от увеличительной формы Семенище. Так что Семеникин стоит в ряду тех фамилий, которые сохранили в себе не просто имя, а живую речевую традицию русского крестьянства.