Фамилия Семеникина — женская форма от Семеникин, а та в свою очередь образована от имени Семеника. Это уменьшительная или обиходная форма церковного имени Симеон (в русском обиходе — Семён). В ономастике такой способ типичен: от полного имени отсекали часть и добавляли суффикс -ик-, придающий ласкательный или просторечный оттенок. Семеника — это как «Семён, да помельче, посвойски».

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Семеникин, то есть сын или потомок Семеники. Такие фамилии на -ин особенно характерны для северных и центральных областей России, где притяжательные формы преобладали над патронимическими на -ов/-ев. Если бы фамилия образовалась в южнорусских или украинских землях, она, скорее всего, звучала бы как Семениченко или Семеников.

Само имя Симеон (Семён) в переводе с древнееврейского означает «услышанный Богом». Однако напрямую связывать фамилию с этим значением не стоит: для носителей она была просто указанием на родство. В крестьянской среде, где фамилии закрепились поздно, Семеникиными могли стать потомки конкретного человека по прозвищу Семеника — не обязательно сына Семёна, а, например, внука или правнука.

Интересная деталь: фамилия Семеникин (и Семеникина) встречается в писцовых книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков, но не повсеместно. Она редка в южных губерниях и почти не фиксируется за Уралом, что выдаёт её «коренную» привязку к старым русским уездам — например, к Костромской, Вологодской или Вятской землям. Там суффикс -ик в личных именах был особенно ходовым.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Семёнов, Семин, Семакин) показывает, что Семеникина стоит особняком: она не от полного имени, а от производной формы, что в быту звучало теплее и конкретнее. Носитель такой фамилии в XIX веке, скорее всего, происходил из семьи, где предка звали не официальным Семёном, а по-домашнему — Семеникой.