Фамилия Семушникова — женская форма, а её основа мужская — Семушников. Чтобы понять происхождение, проще всего разобрать слово по частям. Корень здесь «Сем-», как в имени Семён (от древнееврейского «услышанный Богом»). Дальше идёт суффикс «-уш-», который в русском языке часто образует уменьшительно-ласкательные или обиходные формы: Сёма — Семушка. Затем следует суффикс принадлежности «-ник-» и стандартное окончание «-ов».

Самая прямая версия: фамилия образована от прозвища или нецерковного имени Семушник. Так могли назвать человека по ремеслу — например, торговца семенами или того, кто сеял («семушник» от «семя»). Но здесь важна ономастическая деталь: сочетание суффиксов «-уш-ник» скорее указывает на человека, связанного с кем-то по имени Семён. В русских говорах «Семушник» могло означать «сын Семушки» или «человек из семьи Семушки». То есть исходное прозвище Семушка (ласкательное от Семён) дало основу, а суффикс «-ник» добавил значение «тот, кто относится к Семушке» — например, работник, подмастерье или младший член семьи.

Интересно, что фамилия с суффиксом «-ников» встречается реже, чем массовые «-ов» и «-ин». Она характерна для северных и центральных регионов России, где такие отчества на «-ник» были в ходу. Если сравнивать с однокоренными — Семёнов, Семин, Семашко, — то Семушников стоит особняком: это не прямая отсылка к отцу, а скорее к прозвищу, которое закрепилось за родом. Географически фамилия редкая, встречается в Вологодской, Костромской областях и на Урале, куда переселенцы принесли северные говоры.

Споров вокруг корня почти нет: основа ясна. Единственная альтернативная версия — связь с диалектным словом «семушка» (так в некоторых местах называли семена конопли или льна). Тогда Семушников — это «льновод» или «торговец маслом». Но эта гипотеза слабее, потому что в русской ономастике прозвища от имён встречаются гораздо чаще, чем от названий товаров. К тому же суффикс «-ушк-» типичен именно для личных имён (Ванюшка, Петрушка, Семушка). Так что с высокой вероятностью предок носителя фамилии Семушников был человеком по имени Семён, а его самого в быту звали Семушка — отсюда и пошла фамилия.