Фамилия Семыкона — редкий случай, когда мы почти наверняка можем говорить об ошибке в написании. Вероятнее всего, перед нами вариант фамилии Семыкин, искажённый при записи в документах. Исходная форма образована по стандартной русской модели от имени или прозвища Семыка. Это, в свою очередь, уменьшительная форма одного из крестильных имён — Семён, реже Семей (каноническое Симеон). Суффикс -ык- здесь выступает как ласкательный или обиходный: Семыка — «маленький Семён» или просто свой, домашний человек.

Однако форма Семыкона выбивается из привычного ряда. Русские фамилии на -она в русском языке почти не встречаются. Обычно такое окончание характерно для украинской традиции, где суффикс -он- (как в фамилиях Макагон, Ткачон) может указывать на потомка по профессии или имени. Но в паре с основой Семык- это выглядит искусственно: скорее всего, писарь или чиновник, не расслышав фамилию, записал её «на слух», добавив окончание, которое показалось ему естественным для женского рода (как Анна — Антонова, но Семыкона — как бы «жена Семыки»). В русских говорах, особенно северных и сибирских, фамилии на -их, -ых (Семыкиных) могли при переписи превращаться в Семыкина, а затем, при ошибке переписчика, — в Семыкона.

Географически фамилия Семыкона почти не встречается в современных справочниках, что подтверждает её случайный характер. Если же отбросить версию об ошибке, то можно предположить редкую белорусскую или польскую модель, где суффикс -он- (в польском -on) присоединялся к основе для образования фамилии-прозвища. Но в таком случае основа должна была бы звучать как Семык-, а не Семык-. Правдоподобнее всё же первая версия: Семыкона — это искажённая фамилия Семыкин, которую носили потомки человека по имени Семён, Семей или Семыка.