Фамилия Сеников — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неочевидная основа. Вопреки первому впечатлению, её корень не связан с сеном или сеном, а восходит к краткой форме крестильного имени Сеник. Это производное от Сидор (Исидор), Семён (Симеон) или даже Серафим — в народной речи такие имена нередко стягивали до короткого «Сеня», а от него образовывали уменьшительные варианты с суффиксом -ик: Сеник. Суффикс -ов в конце указывает на принадлежность: Сеников буквально значит «сын Сеника» или «из рода Сеника».

Географически фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Ярославской, Костромской и Вологодской губерниях. Там, в среде крестьян и посадских людей, фамилии с суффиксом -иков были особенно часты — они образовывались от обиходных имён, которые в документах XVII–XVIII веков фиксировали как Сеник, Сенка, Сенька.

Интересная деталь: форма «Сеников» могла возникнуть и из прозвища Сеник, но не от имени, а от слова «сень» (тень, навес, защита). В таком случае предка могли прозвать за привычку держаться в тени или, наоборот, за то, что он строил навесы и сени. Однако эта версия менее вероятна — в ономастике отыменные фамилии с суффиксом -ик встречаются гораздо чаще, чем прозвищные.

В отличие от более популярной фамилии Сенников (от сенник — сенной сарай или матрас), Сеников не имеет прямого отношения к сельскохозяйственным реалиям. Это чисто патронимическая фамилия, и её носители в большинстве своём были потомками человека, которого в быту звали Сеник. В современных справочниках фамилия числится как редкая, но стабильная — она не исчезла, но и не получила широкого распространения за пределами своего исторического ареала.