Фамилия Сеникова — женская форма, а её мужской вариант, Сеников, образован по простой и ясной модели. В её основе лежит имя или прозвище Сеник, которое, в свою очередь, восходит к уменьшительной форме крестильного имени Семён. В народе Семёна часто называли Сеня, а от него уже пошли ласкательные варианты вроде Сеник. Суффикс -ик указывает на что-то маленькое, близкое: Сеник — это «маленький Сеня», сын или младший родственник Семёна. Фамилия, таким образом, изначально была отчеством: «чей сын?» — Сеников.

Есть и вторая, менее распространённая версия, которую стоит упомянуть. Она связывает основу не с именем, а с нарицательным словом «сеник». В некоторых говорах так называли сеновал или помещение для сена, а также человека, который заготавливает сено или торгует им. Однако эта версия слабее: прозвища, образованные от названий построек, встречаются реже, чем производные от имён. К тому же форма Сеник для имени Семён — совершенно естественная, поэтому версия с крестильным именем выглядит предпочтительнее.

По суффиксу фамилия относится к типично русским «патронимическим» фамилиям на -ов/-ев. Она не указывает на дворянское происхождение — такие фамилии в массе своей носили крестьяне, мещане и духовенство. Географически фамилия Сеников и Сеникова встречается повсеместно, но чаще — в центральных и северных областях России, где имя Семён было особенно популярно.

Интересная деталь: в старых документах фамилию могли записывать через букву «ѣ» (Сѣниковъ), что отражает произношение до реформы орфографии. Это одна из тех фамилий, где написание в дореволюционных метриках может сбить с толку при поиске предков.