Фамилия Сеникина — женская форма мужской фамилии Сеникин, и её происхождение напрямую связано с личным именем или прозвищем. Основа — имя Сеника, которое в русской традиции является уменьшительной формой от канонического имени Семён (в бытовом произношении — Сеня). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Сеникин, то есть потомок человека по имени Сеника.

В отличие от более частотных фамилий на -ов/-ев, модель на -ин характерна для основ, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный. Сеникина — фамилия не самая распространённая, но и не редкая: она встречается в центральных регионах России, особенно в Поволжье и на Урале, где активно бытовали неофициальные формы имён. В некоторых говорах Сеникой могли называть не только Семёна, но и человека с заметным носом (от диалектного «сеня» — нос, сопля), однако эта версия менее вероятна: прозвище по носу обычно давали в грубоватой форме (Сопля, Нос), а Сеника звучит ласкательно.

Есть и вторая, менее очевидная гипотеза: основа могла восходить к тюркскому слову «сен» (ты) или «сеник» (твой), но для русской фамилии такое заимствование маловероятно — суффикс -ин чётко указывает на славянскую словообразовательную модель. Поэтому основная версия остаётся именной: предки носительницы фамилии — это потомки человека, которого в быту звали ласково Сеника, то есть Семён.