Фамилия Саникина — женская форма фамилии Саникин. В основе лежит мужское личное имя или прозвище Саника. Это уменьшительная форма от канонического имени Савва, которое восходит к древнееврейскому «савва» — «старец, дед». Реже Саникой могли называть человека по имени Александр или Савватий, отсекая начало и оставляя корень, который затем обрастал уменьшительным суффиксом -ик-.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Саникин, то есть сын или потомок Саники. Такая модель образования фамилий была особенно распространена в северных и центральных губерниях России, где преобладал притяжательный суффикс -ин, а не -ов/-ев. Фамилия Саникин фиксируется в переписных книгах XVII века, например, в писцовых книгах по Арзамасскому уезду 1620-х годов встречаются крестьяне с этим прозвищем.

В отличие от более частотных фамилий на -ов, Саникин сохранил архаичную форму, близкую к древнерусским прозвищам. В современной России фамилия встречается редко, основная концентрация — в Нижегородской и Костромской областях, что подтверждает её северное происхождение. Носительница фамилии Саникина может считать, что её предки были либо крестьянами, либо посадскими людьми, получившими прозвище по имени отца — простого человека, которого в быту звали Саникой.