Фамилия Саникян — армянская по происхождению, что ясно уже по суффиксу -ян, одному из самых распространённых фамильных показателей в Армении. Этот суффикс, восходящий к древнему -янц, указывал на принадлежность к роду или происхождение от предка, чьё имя легло в основу фамилии. В случае с Саникян основа — Саник, уменьшительная или ласкательная форма от распространённого армянского имени Саркис. Саркис — армянский вариант имени Сергий, которое в христианской традиции связано с одноимённым святым, почитаемым в Армянской апостольской церкви. Таким образом, фамилию Саникян можно расшифровать как «потомок маленького Саркиса» или «из рода Саника».

Интересная деталь — суффикс -ик в основе Саник. В армянском языке он выполняет ту же роль, что и русский суффикс -к- в именах вроде Ваня — Ванечка: придаёт имени уменьшительно-ласкательный оттенок. Следовательно, предок носителя фамилии мог быть младшим в семье, любимцем, или же это была просто повседневная форма обращения, которая со временем закрепилась как родовое имя. Сравните с другими армянскими фамилиями на -икян: Аветикян, Геворгикян — они образованы по той же модели.

Географически фамилия Саникян встречается как в самой Армении, так и в армянских диаспорах — в России, Грузии, странах Ближнего Востока и Европы. В России, куда армяне массово переселялись в XIX–XX веках, фамилия могла записываться в разных вариантах: Саникян, Саникьян, реже — Саникин, под влиянием русских фамилий на -ин. Однако исходная форма с -ян остаётся нормативной.

В отличие от многих русских фамилий, которые указывали на профессию или социальный статус предка, Саникян — чисто патронимическая фамилия. Она ничего не говорит о роде занятий: предки могли быть крестьянами, ремесленниками или купцами. Единственное, что можно утверждать с уверенностью — родоначальника звали Саркис, а в быту — Саник. Фамилия не редкая, но и не сверхраспространённая: по данным современных телефонных справочников и соцсетей, её носителей в пределах России насчитывается несколько сотен, что типично для армянских фамилий второго-третьего уровня распространённости.