Фамилия Сеникян — армянская, и её разбор стоит начать с суффикса, который прямо указывает на происхождение. Окончание -ян (в дореволюционных записях часто -янц) — один из самых распространённых патронимических суффиксов в армянском языке. Он означает «принадлежащий к роду» или «потомок», то есть Сеникян — это «из рода Сеника» или «сын Сеника».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Сеник. Скорее всего, это уменьшительно-ласкательная форма от армянского имени Сен (или Сена). В армянской ономастике имя Сен имеет несколько возможных корней. Самая вероятная версия связывает его с армянским словом «сен» (սեն) — «этот» или «тот самый», которое в древности могло использоваться как указательное прозвище, закреплявшееся за человеком. Менее распространённая, но тоже возможная гипотеза — происхождение от персидского «сенг» (камень, скала), что встречается в армянских именах, но для Сеник это звучит натянуто.

Интересно, что фамилия Сеникян не имеет прямых аналогов среди массовых русских фамилий на -ов/-ев, что подчёркивает её чёткую региональную привязку к исторической Армении. В отличие от фамилий, образованных от названий ремёсел (Кузнецов, Мельников), Сеникян происходит от личного имени, то есть предок носителя не обязательно был мастером или воином — он просто был человеком по имени Сеник, чьи дети и внуки стали зваться Сеникянами. Встречается фамилия преимущественно в Армении, а также в диаспорах России, Грузии и стран Ближнего Востока. Единичные носители могли появиться в результате миграций конца XIX — начала XX века.