Фамилия Сенишенков — редкий и показательный пример того, как фамилия «вырастает» из разговорного варианта крестильного имени. Её основа — Сениша, уменьшительная форма от Сидор (в просторечии Сидор, Сениша) или, что чуть реже, от Семён. Второй вариант правдоподобнее: в русских говорах имя Семён часто «съезжало» в Сенишу через чередование «м» и «н» (Семён — Семениша — Сениша). Так Сенишенков — буквально «сын Сениши».

Словообразовательная модель здесь не самая частая: суффикс -енков (с наращением -ен- от основы Сениш-) характерен для южнорусских и украинских земель. В отличие от северных фамилий на -ов/-ев, где исходная форма имени стоит в родительном падеже (Сенишин — чей? Сенишин), форма на -ков указывает на «маленького», то есть потомка: Сенишенко (украинский патроним) переоформился в Сенишенков при адаптации в великорусской среде. То есть предок носителя фамилии, скорее всего, пришёл с юга или из чернозёмной полосы — Курской, Орловской, Воронежской губерний.

Имя Семён (от древнееврейского Шимон — «услышанный Богом») было одним из самых распространённых в крестьянской среде, поэтому фамилий от него десятки: Семёнов, Сенин, Семин, Семенченко. Но Сенишенков стоит особняком: оно сохранило редкую уменьшительную форму, которая в документах могла закрепиться случайно — из-за ошибки писаря или местного произношения. В XIX веке фамилия фиксируется в основном в Тамбовской и Рязанской губерниях, что подтверждает её «южный» след.

По социальному происхождению — однозначно крестьянская, без дворянских корней. Никаких известных исторических деятелей с такой фамилией нет, что для рядовой земледельческой фамилии естественно: её носили люди, чья биография не выходила за пределы одного-двух уездов.