Фамилия Сепианов — один из тех случаев, когда внешне русская фамилия хранит в основе иноязычное слово, а её происхождение напрямую связано с профессией или прозвищем. Вопреки возможной ассоциации с латинским «сепия» (каракатица, а также коричневая краска из её чернил), корень здесь, скорее всего, другой, и он указывает на конкретное занятие предка.

Разбираем словообразовательную модель: перед нами типичная патронимическая фамилия на -ов, образованная от прозвища или некалендарного имени. Основа — Сепиан. Суффикс -ан в русских прозвищах часто имел значение лица, склонного к чему-либо или занятого чем-то (ср. Гулян, Болван, Горлан). В данном случае наиболее правдоподобная версия связывает «Сепиана» с диалектным или профессиональным словом «сепень» или «сепетить» — на юге России и в украинском языке это означало «шептать», «бормотать», «говорить невнятно». Соответственно, Сепиан — это «шептун», «бормотун». Прозвище могли дать человеку с тихой, неразборчивой речью или, напротив, тому, кто постоянно шептался, сплетничал.

Есть и вторая, менее вероятная, но любопытная версия — от греческого имени Сепиан (Σεπιανός). В греческих святцах встречается мученик Сепиан, но имя это крайне редкое. Если предок был выходцем из греческой среды (например, из Приазовья или Крыма), то фамилия могла образоваться от этого имени по русской модели, но в таком случае она бы сохранила ударение на последний слог — Сепиа́нов. Распространённое произношение с ударением на второй слог (Сéпианов) больше соответствует русской огласовке прозвищного корня.

В любом случае, фамилия не относится к числу аристократических или дворянских. Она бытовала в среде крестьян и мещан, преимущественно в южнорусских и малороссийских губерниях. Встречается она нечасто, что подтверждает её узко локальное происхождение от конкретного прозвища. Интересно, что фамилия Сепианов по звучанию почти не имеет однокоренных «родственников» в русском ономастиконе, что делает её уникальной и легко отличимой от массовых фамилий на -ов.