Фамилия Сергуненков — один из тех случаев, когда за фамилией стоит не ремесло и не прозвище, а личное имя. Её основа — Сергуня, уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Сергей. В народной среде имя Сергей дробилось на десятки производных: Сергун, Сергуня, Сергуша, Сергач. Форма Сергуня звучит мягко, почти по-домашнему, и указывала на младшего или любимого члена семьи.

Модель образования фамилии — двухступенчатая. Сначала от имени Сергуня через суффикс -енк- образовали прозвище или полуотчество Сергуненко. Этот суффикс в украинской и южнорусской традиции означал «маленький» или «сын»: Сергуненко — буквально «сын Сергуни». Затем, при адаптации фамилии в великорусской среде, к ней добавили типичный русский суффикс -ов, получив Сергуненков. Такая «двойная» суффиксация — характерная черта фамилий, которые пришли в центральную Россию с украинских или белорусских земель и обрусели по форме.

Географически фамилия тяготеет к южным областям России — Белгородской, Курской, Воронежской, а также к Смоленщине и Брянщине, где исторически был силён украинский диалектный слой. Встречается она нечасто, что говорит о локальном распространении: предки носителя, скорее всего, жили в одном селе или волости несколько поколений, и фамилия не «разошлась» широко по стране.

Интересная деталь: в говорах слово «сергуня» могло иметь и дополнительный оттенок — так иногда называли непоседливого, вертлявого человека (от диалектного «сергать» — дёргаться, суетиться). Но эта версия менее вероятна, чем прямая связь с именем Сергей. В пользу имени говорит массовость модели: сотни русских фамилий образованы от уменьшительных форм имён (Иванов — от Ивана, Петров — от Петра, а Сергуненков — от Сергуни). Прозвищная версия остаётся лишь возможным, но не обязательным дополнением.

Таким образом, Сергуненков — фамилия-патроним, указывающая на предка по имени Сергуня (Сергей), с южнорусским «следом» в суффиксе. Она рассказывает не о занятии, а о родстве: в основе лежит имя, которое носил основатель рода.