Имя Сергуня представляет собой просторечную форму имени Сергей (церковный вариант - Сергий), которое в переводе с латинского означает «высокочтимый, высокий». Фамилии, образованные от этого имени, встречаются довольно часто, поскольку имя Сергий было весьма популярно на Руси: в истории православия известно около двадцати святых покровителей имени Сергий. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Сергуня, со временем получил фамилию Сергунин. Имя Сергуня является обиходной формой крестильного имени Сергей, или, по-старинному, Сергий. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Сергуня, со временем получил фамилию Сергунин.