Фамилия Сергунин отвечает на вопрос «чей будете?» и образована от личного имени Сергуня — просторечной, обиходной формы крестильного имени Сергей, которое в церковной традиции звучало как Сергий. С латыни это имя переводят как «высокочтимый» или «высокий». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Сергунин буквально значит «сын Сергуни», «из семьи Сергуни». По той же модели возникли десятки русских фамилий от уменьшительных имён — Петрунин, Васькин, Гришунин.

Имя Сергий было на Руси чрезвычайно популярно, и потому фамилии от его производных встречаются часто. В истории православия известно около двадцати святых покровителей с этим именем, что поддерживало его распространённость в народной среде. Однако форма Сергуня, в отличие от более частых Сергеев или Серёгин, встречается реже и звучит по-особенному: она отражает живую разговорную традицию, где имена не просто сокращали, а переделывали на свой лад, добавляя ласкательные или фамильярные суффиксы.

Интересно, что в некоторых говорах имя Сергуня могли произносить и писать как Сергуша, и от этой параллельной формы тоже пошли фамилии — Сергушин, Сергушев. Так что Сергунины, Сергушины и Сергеевы — родня по общему предку, хоть и разошлись по разным ветвям. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным русским областям, где имя Сергей в его уменьшительных формах было особенно любимо.

Сам носитель имени Сергуня в XVI–XVII веках мог быть кем угодно — крестьянином, посадским человеком, служилым. Фамилия не указывает на сословие, она лишь закрепляет семейное прозвище, которое со временем перешло в официальное родовое имя. В переписных книгах и писцовых документах такие формы встречаются регулярно, что подтверждает их бытовую, а не книжную природу: Сергуней звали в семье, а уже дети и внуки стали Сергуниными.

Если говорить о спорных версиях, иногда пытаются связать основу с тюркскими корнями или с глаголом «сергунить» в диалектах, но эти гипотезы не выдерживают критики: имя Сергей с его производными полностью объясняет происхождение, и привлекать иноязычные толкования нет нужды. Фамилия Сергунин — чисто русская, православная по корню и бытовая по форме.