Фамилия Сергунин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Сергунин послужило церковное имя Сергий. Имя Сергуня представляет собой просторечную форму имени Сергей (церковный вариант - Сергий), которое в переводе с латинского означает «высокочтимый, высокий». Фамилии, образованные от этого имени, встречаются довольно часто, поскольку имя Сергий было весьма популярно на Руси: в истории православия известно около двадцати святых покровителей имени Сергий. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Сергуня, со временем получил фамилию Сергунин. О точном месте и времени возникновения фамилии Сергунин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Сергунин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.