Фамилия Сергуное встречается редко, и её происхождение напрямую связано с разговорной формой имени Сергей. В основе лежит имя Сергун — так в народе называли Сергея, используя уменьшительно-ласкательный суффикс -ун (как Ваня → Ванюн, Петя → Петрун). Форма Сергун бытовала в северных и сибирских говорах, где -ун добавляли к именам для придания фамильярного или шутливого оттенка. Притяжательный суффикс -ов/-ев в фамилии Сергуное указывает на принадлежность: «чей?» — Сергуноев, то есть сын или потомок Сергуна. Необычное окончание -ое вместо привычного -ев объясняется тем, что в некоторых диалектах и документах XIX века фамилии записывали на слух, не закрепляя орфографию: Сергуноев и Сергуное могли сосуществовать как варианты.

Интересно, что фамилия не получила распространения за пределами узкого ареала — она встречается в основном в Архангельской области и в Вологодчине. Это подсказывает, что предки носителя фамилии могли быть крестьянами или посадскими людьми Русского Севера, где имя Сергей было популярно, а его производные — Сергун, Сергуня — закрепились в качестве уличных прозвищ. В отличие от фамилий на -их/-ых, типичных для северных регионов, Сергуное образовано по стандартной модели, но с диалектным окончанием, что делает её редким свидетельством живой народной речи.

Спорных версий здесь немного: иногда пытаются связать основу с тюркским словом «сергун» (ястреб) или с древнерусским «серга» (серьга), но эти гипотезы слабы. Во-первых, суффикс -ун в русских фамилиях почти всегда указывает на личное имя, а не на предмет. Во-вторых, форма Сергуноев органично вписывается в ряд однокоренных фамилий — Сергунин, Сергунов, Сергунцев, — которые все восходят к имени Сергей. Так что наиболее правдоподобное объяснение — это отчество от просторечного Сергун, застывшее в редком написании.