Фамилия Сергуненко — яркий пример восточнославянской модели фамилий на -енко, характерной для Украины. Суффикс -енко в XVI–XVII веках активно использовался в Поднепровье, Слобожанщине и на юге России как уменьшительный или патронимический (указывающий на происхождение от отца). В буквальном смысле Сергуненко — это «маленький Сергун» или «сын Сергуна».

Основа фамилии — имя Сергун. Это не самостоятельное каноническое имя, а народная, обиходная форма от христианского имени Сергей (латинское Sergius — из римского родового имени). В русской и украинской традиции имена часто укорачивали и добавляли суффиксы субъективной оценки: Сергей → Сергун (с суффиксом -ун, который придавал оттенок фамильярности, ласкательности или, реже, прозвищной характеристики). Встречаются и параллельные формы: Сергуша, Сергуня, Сергунька.

Таким образом, цепочка происхождения выглядит так: крестильное имя Сергей → обиходная форма Сергун → фамилия Сергуненко. Носитель фамилии — потомок человека по прозвищу или домашнему имени Сергун. Важно, что Сергун могло быть и прозвищем, данным не по имени, а по черте характера или внешности (например, от глагола «сергунить» в некоторых говорах — «сердиться, ворчать»), но в данном случае более вероятна именная версия, так как имя Сергей было чрезвычайно распространено.

Географически фамилия Сергуненко традиционно привязана к центральным и восточным областям Украины (Полтавщина, Черниговщина, Сумщина), а также к южным регионам России, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские крестьяне и казаки. В сословном отношении предки Сергуненко чаще всего были крестьянами или казаками — именно в этих средах патронимические фамилии на -енко закрепились массово.

Стоит обратить внимание на редкость суффикса -ун в основе: если фамилии на -енко от полных форм (Сергеенко, Сергиенко) встречаются часто, то вариант с промежуточным суффиксом -ун- (Сергуненко) гораздо менее типичен. Это делает фамилию более локальной и указывает на конкретную семейную традицию именования внутри рода.