Фамилия Серкерова — женская форма фамилии Серкеров, и её разбор стоит начать с редкости окончания. Мужской вариант на -ов типичен для русских фамилий, но корень «Серкер» для русского уха звучит неродственно. Это прямой намёк на иноязычное происхождение, скорее всего, тюркское.

В основе фамилии лежит тюркское слово или прозвище «серкер» (варианты: серкер, серкяр). В ряде тюркских языков (азербайджанском, турецком, кумыкском) «серкер» означает «предводитель», «главарь», «вожак». Это слово восходит к персидскому «саркар» (начальник, господин), которое через тюркское посредство попало и в кавказские языки. Таким образом, прозвище Серкер давали человеку властному, возможно, старшему в роду, атаману или военному командиру. Встречается фамилия преимущественно у народов Северного Кавказа и Закавказья, особенно у азербайджанцев, лезгин и кумыков, где суффикс -ов/-ова был добавлен при русификации документов в XIX–XX веках.

Вторая версия, менее вероятная, связывает «серкер» с диалектным русским словом «серка» (сера, смола) или «серкать» (чиркать, скрести). В этом случае фамилия могла бы относиться к роду занятий: смолокур, добытчик серы. Но против этой версии говорит отсутствие характерного суффикса -ин (Серкин) и распространённость корня именно в южных регионах, где русских смолокуров исторически было мало.

Словообразовательная модель проста: тюркское прозвище Серкер + стандартный русский патронимический суффикс -ов (в женском роде -ова). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Серкерова. Носительница фамилии может с равной вероятностью иметь азербайджанские, дагестанские или кумыкские корни, а её предок, судя по значению прозвища, был человеком заметным, возможно, главой общины или военным.