Фамилия Серкожаев — редкий случай, когда основа не бросается в глаза даже носителю тюркских языков. Если отбросить русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного), остаётся корень Серкожа. В нём два компонента: «сер» и «кожа». Первая часть восходит к тюркскому sär — «упрямый», «твердолобый», а вторая — кожа, что в казахском и других тюркских языках означает «кожа», «шкура». Вместе это даёт прозвище «упрямая кожа» или «твердая шкура» — так могли назвать человека с несгибаемым характером, которого не пробить ни уговорами, ни угрозами.

Есть и другая версия, менее вероятная: «сер» может быть искажением арабского «сирр» — тайна, секрет. Но для прозвищ в кочевой среде характернее бытовая, а не книжная лексика, поэтому первая трактовка предпочтительнее. Фамилия образована по стандартной для Российской империи модели: к тюркскому имени или прозвищу пришили русский суффийкс принадлежности — «чей?» — Серкожаев, то есть «сын (или потомок) Серкожи».

Географически фамилия тяготеет к западу Казахстана и прилегающим регионам России (Астраханская, Оренбургская области). Там среди казахов и татар такие составные имена с «кожа» встречаются чаще. Например, есть параллельные фамилии Кожаев, Кожахметов — все они указывают на род занятий или свойство: кожа в переносном смысле могла означать «наковальня», «несгибаемый», но в данном случае «Серкожа» — именно характер, а не ремесло.

В дореволюционных документах фамилия могла писаться через «о» — Серкожаев, реже через «а» — Саркожаев, что отражает диалектное произношение первой гласной. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к государственным крестьянам или казачьему сословию — в степи фамилии такого типа закреплялись за простыми кочевниками, а не за знатью. Знатных тюркских родов с этой основой не зафиксировано.