Фамилия Сейкенова — женская форма фамилии Сейкенов, распространённой в Казахстане и среди казахов. Её основа — мужское имя Сейкен, которое в свою очередь является казахским вариантом арабского имени Сайид (Сейид), означающего «господин», «предводитель», «почтенный». В казахской ономастике к имени часто добавляли уменьшительно-ласкательный суффикс -кен (или -екен), что даёт значение «маленький Сейид» или «уважаемый, как Сейид». Таким образом, фамилия Сейкенова в буквальном смысле восходит к прозвищу или имени предка, которого называли Сейкеном — вероятно, в знак почтения или как намёк на его знатное происхождение.

В казахской традиции фамилии образовывались от имени отца или деда (патронимический принцип), поэтому Сейкеновы — это потомки человека по имени Сейкен. Окончание -ов (-ова) здесь не славянское по происхождению: оно вошло в казахские фамилии в советское время, когда проводилась массовая русификация документов. До этого казахи пользовались отчествами без фиксированных фамилий, и Сейкенулы (сын Сейкена) или Сейкенкызы (дочь Сейкена) были бы естественными формами.

Географически фамилия Сейкенова чаще всего встречается в Западном и Центральном Казахстане, особенно в Актюбинской и Кызылординской областях. Это не самая массовая фамилия, но она устойчиво бытует в среде казахов, чьи предки могли быть связаны с родом или аулом, где имя Сейкен было распространено. Интересно, что в некоторых случаях Сейкен могло быть не личным именем, а прозвищем — например, данное человеку, который вёл себя «по-господски» или отличался авторитетом.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Сейдалин, Сейтжанов, Сейсенбаев) показывает, что все они восходят к арабскому корню «с-й-д» (связанному с понятием господства и почтения), но через разные диалектные формы. Фамилия Сейкенова выделяется именно суффиксом -кен, который придаёт ей более «домашний», уменьшительный оттенок, что типично для казахской народной антропонимии. Если искать параллели в других тюркских языках, то, например, в татарском и башкирском есть фамилия Сейкин, образованная по той же модели, но с другим суффиксом.

Таким образом, носительница фамилии Сейкенова может считать, что её предок носил имя или прозвище, подчёркивающее уважение и, возможно, связь с исламской традицией почитания потомков пророка (сайидов), хотя в казахской среде это имя часто давали и без прямого генеалогического обоснования — просто как благозвучное и значимое.