Фамилия Сейтшаев — яркий пример фамилий, образованных от арабского имени через тюркское посредничество. Её основа — мужское имя Сейтша, которое представляет собой сложносоставную конструкцию из двух частей: «Сейт» (арабское «саййид» — господин, потомок пророка Мухаммеда) и «ша» (сокращение от «шах» — царь, владыка, также иранского происхождения). Буквально имя Сейтша можно перевести как «господин-царь» или «почтенный владыка» — типичный для восточной ономастики комплиментарный состав, где оба компонента усиливают друг друга, подчёркивая высокое положение.

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе Сейтша добавили суффикс -ев, который указывает на принадлежность («чей?» — Сейтшаев, то есть сын Сейтши). Такой способ формообразования — самый распространённый в русской фамильной системе, но в сочетании с нерусским корнем он даёт уникальную гибридную форму. Суффикс -ев, а не -ов, стоит здесь не случайно: он присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на -а/-я, что и происходит в случае с Сейтшей.

Географически фамилия тяготеет к регионам традиционного расселения казахов и татар — в первую очередь к Казахстану, Оренбургской, Астраханской областям России. Среди носителей фамилии много представителей казахского рода, что неудивительно: имя Сейтша (варианты — Сейтжан, Сейткали) было популярно в казахской среде в XIX — начале XX века. Встречается фамилия и у башкир, и у ногайцев, но везде сохраняет одну и ту же этимологическую основу — отсылку к почётному статусу предка.

В отличие от многих фамилий, где корень со временем стёрся и стал непонятен, Сейтшаев прозрачен для носителя тюркских языков: любой казах или татарин сразу поймёт, что речь о человеке, чей предок носил имя со значением «благородный правитель». При этом сама фамилия — свидетельство культурного пограничья: арабское имя, иранский титул и русский суффикс слились в одну фамилию, которая сегодня звучит как обычная, хоть и редкая, русская фамилия восточного происхождения.