Фамилия Шабейкин — редкий пример отчества, образованного от прозвища, которое почти наверняка связано с профессиональным жаргоном или местным говором. В основе лежит прозвище Шабейка. Его происхождение неочевидно, но самая правдоподобная версия отсылает к диалектному слову «шабейка» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли мелкую торговлю, перепродажу, а также самого мелкого торговца-перекупа. Корень тот же, что и в слове «шабаш» (конец работы, отдых), но в данном случае скорее имеется в виду «шабашничать» — работать временно, браться за случайные заработки. Таким образом, Шабейка — это прозвище человека, который жил случайными заработками, мелкой торговлей или поденной работой.

Суффикс -ин в фамилии Шабейкин — классический патронимический, указывающий на принадлежность: «чей?» — «Шабейкин сын», то есть сын Шабейки. Форма на -ин типична для фамилий, образованных от основ на -а/-я, и в этом смысле Шабейкин ничем не отличается от тысяч других русских фамилий.

География фамилии узкая. Основной массив носителей — Курская, Белгородская области и прилегающие районы Украины (Сумщина). Это совпадает с ареалом диалекта, где слово «шабейка» было в ходу. Встречаются варианты написания Шабайкин и Шабейков, но они единичны и, скорее всего, возникли из-за ошибок в документах.

Сословно фамилия однозначно крестьянская, скорее всего, однодворческая. В Курской губернии до отмены крепостного права было много однодворцев — потомков мелких служилых людей, которые жили своим хозяйством, но нередко подрабатывали на стороне. Прозвище Шабейка могло закрепиться за таким человеком, который «шабашничал» — брался за любую работу, чтобы прокормиться.

Известных носителей среди исторических деятелей нет, фамилия не попала в дворянские родословные книги. Это типичная «незаметная» фамилия, которая говорит о происхождении из среды простого люда, где прозвище точно и нелестно описывало род занятий предка.