Фамилия Шаболтаева — женская форма фамилии Шаболтаев, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем, которое носил предок. В основе фамилии лежит слово «шаболта» или «шаболтай». Это нечастая фамилия, и её корни уходят в тюркские или, возможно, в диалектные русские говоры.

Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. Слово «шаболтай» могло быть вариантом имени собственного или прозвища, образованного от корня, связанного с понятиями «болтать», «говорить без умолку» или, наоборот, «молчун» (в разных тюркских языках значения могут расходиться). Вторая версия, менее распространённая, но тоже имеющая право на существование, — русская диалектная основа: в некоторых говорах «шаболда» означало нечто болтающееся, висящее, или же человека неуклюжего, нерасторопного. Однако тюркский след выглядит убедительнее, учитывая ареал бытования фамилии: она встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где веками шло смешение русского и тюркского населения.

Морфологически фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Шаболта» (или «Шаболтай») добавился притяжательный суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей сын?» — Шаболтаев). Суффикс -ев, а не -ов, говорит о том, что основа заканчивалась на мягкий согласный или на -й (Шаболтай → Шаболтаев). Окончание -а в женской форме — обычный способ указания на женщину в русской фамильной системе.

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, была крестьянской или мещанской. В документах XVII–XIX веков фамилии на -ев с тюркскими корнями часто фиксировались у служилых татар, ясачных крестьян и казаков. Встретить Шаболтаевых среди дворянства маловероятно — фамилия не попала в родословные книги.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то ближайшие «родственники» — Шабалтаев, Шаболдин, Шабалин. Все они могут восходить к разным вариантам одного и того же тюркского имени или прозвища, но Шаболтаев сохранил более архаичную форму основы.