Фамилия Шаболтаев — одна из тех, где прозвище-основа почти стёрлось, а суффикс сохранил память о географии. На первый взгляд корень кажется тюркским или кавказским, но при ближайшем рассмотрении всё упирается в русский диалектный глагол «шаболтать» — болтать, качать, трясти, а также говорить вздор, пустословить. Человека, получившего такое прозвище, могли дразнить Шаболтаем за суетливость, неусидчивость или привычку молоть языком без умолку. В некоторых говорах «шаболда» означала ещё и болтунью, сплетницу, но прозвище могло закрепиться и за мужчиной.

Суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что исходное прозвище оканчивалось на мягкий согласный или на -ай: Шаболтай → Шаболтаев. Такая модель типична для южнорусских и, особенно, для донских казачьих фамилий, где суффикс -ев встречается чаще, чем в центральных областях. Не исключено, что фамилия сформировалась именно на Дону или в Поволжье — в зоне активных контактов с тюркскими языками, где русские диалекты легко вбирали и переосмысляли чужие корни.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от тюркского личного имени или прозвища, образованного от корня «шаб» (ночь, вечер) или «шал» (седой, старый). Но тогда форма ожидалась бы Шабалов или Шабалтаев, а не Шаболтаев. Фонетика «болт» слишком напоминает русскую глагольную основу, чтобы списывать её на заимствование. Поэтому версия с «шаболтать» — основная.

Встречаемость фамилии невысокая, но стабильная в Волгоградской, Ростовской областях и в Ставропольском крае. Носители Шаболтаевых — потомки, скорее всего, однодворцев или казаков, а не крепостных крестьян: именно в этих сословиях прозвища на -ай и -ай с суффиксацией -ев были нормой. Никаких знаменитых Шаболтаевых в истории не зафиксировано, что для такой фамилии естественно: она из тех, что живут в своей местности без громких титулов, но с чёткой диалектной привязкой.