Фамилия Шаболтанов — одна из тех, что ставит перед исследователем сразу несколько загадок, и главная из них — происхождение корня. Если отбросить очевидное предположение о связи с диалектным словом «шаболда» (неряха, растрёпа, болтун), то остаётся более редкая и, пожалуй, более убедительная версия: в основе лежит тюркское слово «шабол» или «шабал» (от арабского «шабб» — юноша, парень, или же от тюркского «шабыл» — проворный, быстрый). В этом случае прозвище Шаболтан мог получить человек живой, расторопный, возможно, молодой и горячий. Прямых аналогов в славянских именах нет, что указывает на южные или восточные корни рода.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Шаболтана). Но обращает на себя внимание суффикс -ан в основе. В русской ономастике он часто придаёт слову оттенок просторечия, уменьшительности или, наоборот, увеличительности (ср. «старикан», «мальчуган»). Значит, прозвище Шаболтан — это не прямая характеристика, а скорее прозвище-прилагательное, образованное от той самой основы «шабол»: Шаболтан — «тот, кто обладает свойством шабола». То есть фамилия буквально означает «потомок того, кого звали Шаболтаном» — человека, вероятно, быстрого или, по другой версии, неопрятного.

География фамилии подсказывает, что искать предков стоит не в центре России. Шаболтановы (и однокоренные Шаболтаевы, Шабалтановы) чаще всего встречаются в Поволжье, особенно в Самарской и Саратовской областях, а также на Урале. Это регионы активного смешения славянского и тюркского населения. Там же фиксируется и фамилия Шабалдин, где корень «шабал» тот же, но суффикс другой. Сословно, скорее всего, это были государственные крестьяне или однодворцы — люди, нёсшие службу на южных рубежах и имевшие контакты с татарами, башкирами или чувашами.

В написании фамилии встречается вариант Шаболтанов (через «а» во втором слоге — Шабалтанов). Это не ошибка, а отражение акающего произношения, характерного для тех же южных и поволжских говоров. В документах XVII–XVIII веков оба варианта могли сосуществовать, пока не закрепился единый письменный стандарт. Так что Шаболтановы, вероятно, вели свой род от служилого человека или крестьянина, получившего прозвище за свой нрав или внешность, но точно не от какого-то древнего боярского рода — фамилия слишком «ремесленная» по своей словообразовательной модели.