Фамилия Шабунько — яркий пример украинской модели фамилий на -ко, которая в XVII–XVIII веках была не просто распространена, а доминировала на Левобережной и Правобережной Украине. Суффикс -ко (в белорусском варианте -ка) в ту эпоху выполнял роль уменьшительно-ласкательного или «сыновьего» форманта: Шабунько буквально значит «маленький Шабун» или «сын Шабуна».

Основа фамилии — прозвище Шабун. Его происхождение спорное, но наиболее убедительная версия связывает его с диалектным украинским глаголом «шабувати» — «шарить», «рыться», «искать ощупью» или «возиться с чем-то». Шабуном в народе могли называть неаккуратного человека, который постоянно что-то перебирает, или, наоборот, дотошного, кропотливого работника, склонного копаться в мелочах. В польском языке есть схожее слово «szabrować» (грабить, мародёрствовать), но в украинском контексте оно дало бы другую огласовку, поэтому бытовая, «возильная» версия выглядит предпочтительнее.

Встречается и более редкая гипотеза: от тюркского личного имени Шабан (Şaban) — названия восьмого месяца мусульманского календаря. Но в таком случае фамилия скорее приняла бы форму Шабанов или Шабаненко. Фонетический переход «а» в «у» (Шабан → Шабун) для украинского языка нехарактерен, и мы бы имели дело с Шабанько. Поэтому связь с прозвищем, а не с календарным именем, надёжнее.

Географически фамилия Шабунько почти целиком привязана к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Киевщине. Это зона, где фамилии на -ко особенно плотны. В России носители Шабунько — это почти всегда потомки переселенцев с Украины времён столыпинской аграрной реформы или более поздних миграций.

Словообразовательная модель проста: прозвище Шабун + патронимический суффикс -ко. Ударение в фамилии традиционно падает на последний слог — Шабунько́, хотя в русской среде нередко смещается на второй: Шабу́нько. В дореволюционных метрических книгах встречается вариант написания через «ѣ» — Шабуньковъ, что отражает попытку русифицировать окончание по образцу фамилий на -ов, но исходная украинская форма сохранилась в большинстве случаев.