Фамилия Шабурников образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — сын Шабурника. Основа — прозвище Шабурник. Чтобы понять его смысл, нужно разобраться с корнем «шабур». Это слово неоднозначно и даёт сразу несколько возможных версий происхождения.

Самая вероятная версия связывает «шабур» с диалектным названием домотканой грубой ткани, сермяги, или с одеждой из неё. В южнорусских и украинских говорах «шабур» — это старый, изношенный кафтан или вообще лохмотья. Тогда Шабурник — человек, который либо шил такую одежду (портной, работающий с грубым сукном), либо носил её, то есть бедняк, оборванец. Вторая версия отсылает к глаголу «шабурить» — шуметь, возиться, делать что-то небрежно. В этом случае прозвище могло закрепиться за беспокойным, суетливым человеком или неаккуратным работником.

Менее распространённая, но не исключённая гипотеза — связь с тюркским словом «шабур» (через посредничество кавказских языков), обозначающим накидку, плащ. Это могло указывать на род занятий, связанный с торговлей или изготовлением такой одежды, либо на этнические корни предка.

Географически фамилия Шабурников тяготеет к югу России и Поволжью. Встречается она нечасто, что типично для прозвищных фамилий, не связанных с широко распространённым именем или профессией. Суффикс -ник в основе прозвища характерен для обозначения человека по его характерному признаку или роду деятельности (ср. Мельник, Плотник, Шубник). Таким образом, предок носителя фамилии был либо портным, либо бедняком, либо просто шумным человеком — и это прозвище закрепилось за его потомками.