Фамилия Шабурин образована от прозвища Шабура. В русских говорах словом «шабура» называли неопрятного, растрепанного человека, неряху, а также того, кто ходит в шабурке — старой, изношенной одежде. Вторая ветвь значений связана с диалектным глаголом «шабурить» — шуршать, шевелиться, возиться, откуда прозвище мог получить суетливый, непоседливый человек. В некоторых регионах «шабурой» называли мешок, куль, и прозвище давали торговцу или нищему, носившему такой мешок за плечами.

Модель образования типична для русских фамилий: основа прозвища Шабур плюс типичный фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Шабуры). Встречается и вариант Шабуров (с суффиксом -ов), но форма Шабурин закрепилась, скорее всего, в северных и центральных губерниях, где суффикс -ин был более распространен при основах на -а.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить историю. Шабуров, Шабуркин, Шабурников — все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами. Шабурин — наиболее «личная» форма, прямо указывающая на конкретного человека по прозвищу, а не на его занятие (как Шабурников, от «шабурник» — мастер по пошиву шабуров). В словаре Б. О. Унбегауна «Русские фамилии» Шабурин упоминается в ряду прозвищных фамилий от слов, характеризующих внешность или поведение.

Социально предки носителя фамилии могли быть крестьянами или посадскими людьми. Прозвище Шабура не несло знатного оттенка, а скорее отражало бытовую черту или особенность одежды. Встречается фамилия в старых документах по Вологодской, Архангельской и Костромской губерниям — именно там слово «шабура» было в ходу. В писцовых книгах XVII века можно найти записи о крестьянине Шабуре, от которого пошла фамилия.

Написание фамилии устойчиво, без вариантов с двойными согласными, но в дореволюционных записях могло встречаться через «о» (Шабуринъ). Сегодня это редкая, но не исчезнувшая фамилия, сохранившая живую связь с русской диалектной лексикой.