Фамилия Шафанский — одна из тех, что сразу выдают своё польское или западнорусское происхождение. Типичный суффикс -ский указывает на дворянский или шляхетский способ образования фамилий в Речи Посполитой. В XVII–XVIII веках такие фамилии часто получали по названию родового поместья или местечка. Основа «Шафан» почти наверняка восходит к польскому szafa — «шкаф», либо к szafować — «распоряжаться, хозяйничать». В первом случае прозвище Шафан могли дать столяру или краснодеревщику, делавшему шкафы. Во втором — управляющему, эконому, человеку, который вёл хозяйство в имении. Оба значения бытовали в польских говорах и легко переходили в фамилии.

Версия с еврейскими корнями тоже имеет право на существование, но менее вероятна. Фамилии на -ский у евреев Восточной Европы встречаются реже, а если и встречаются, то чаще всего как искусственные, присвоенные в XIX веке по названию города. Шафанский не похож на топонимическую фамилию: известного населённого пункта Шафаны или Шафань на картах нет. Поэтому прозвищное происхождение — основное.

Географически фамилия привязана к западным губерниям Российской империи: Волынской, Подольской, Киевской, а также к Царству Польскому. В современной России Шафанские встречаются редко и, как правило, среди потомков переселенцев из этих регионов. В польских метрических книгах XVIII–XIX веков фамилия записывалась как Szafański, а после присоединения земель к России буква «а» перешла в русскую графику без изменений.

С точки зрения словообразования, Шафанский — типичная отпрозвищная фамилия с суффиксом принадлежности. Её «дворянский» суффикс не гарантирует, что предок действительно имел герб и поместье. В XIX веке такие фамилии массово получали и крестьяне, и мещане при переходе на постоянные фамилии — по прозвищу главы семьи. Так что среди Шафанских могли быть и столяры, и управляющие, и просто люди с характером, которых прозвали «шкафом» за плотность или неповоротливость.