Фамилия Шафорова — женская форма, а её мужской вариант — Шафоров. Фамилия редкая, и её корень почти наверняка не русский, а тюркский или иранский. Скорее всего, в основе лежит личное имя или прозвище Шафор, которое могло быть вариантом имени Шафар (от арабского «шафар» — губа, или от персидского «шефер» — ночь). В тюркских языках есть слово «шафар» со значением «рассвет» или «утренняя звезда» — такое прозвище могли дать человеку со светлыми волосами или тому, кто родился на рассвете.

Словообразовательная модель простая: основа Шафор + патронимический суффикс -ов, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Шафора). Суффикс -ов характерен для центральных и южных регионов России, но сама фамилия могла возникнуть на территориях, где русское население контактировало с тюрками — в Поволжье, на Урале или в Приуралье. Встречаемость фамилии крайне низкая: по открытым данным, носители Шафоровых живут в основном в Татарстане и Башкортостане, что подтверждает тюркскую версию происхождения.

Менее вероятно, но возможно, что фамилия связана с географическим названием — например, с рекой или селом Шафор (таких топонимов в современной России нет, но в прошлом они могли существовать). Ещё одна гипотеза — искажение при записи фамилии Шафранов (от шафран, пряность), но разница в корнях слишком велика, чтобы считать её правдоподобной.

Сословная принадлежность предков Шафоровых неясна. Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах, не фиксируется в дореволюционных справочниках купечества или духовенства. Скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, образованная от прозвища, которое дали по внешности или времени рождения. Из-за редкости фамилии её носители, вероятно, происходят из одной или нескольких родственных семей, разошедшихся по разным регионам.