Фамилия Шафирова — женская форма, образованная от мужской Шафиров. Её основа — личное имя Шафир. В отличие от многих русских фамилий на -ов, которые произошли от крестильных имён (Иван — Иванов) или прозвищ (Кузнец — Кузнецов), эта восходит к арабскому имени Шафи, что значит «целитель», «исцеляющий», или к его варианту Шафир. Имя это встречается в мусульманских культурах, в том числе у татар и башкир, что сразу указывает на вероятную этническую и географическую привязку фамилии: Поволжье, Приуралье, а также регионы с традиционно сильным татарским влиянием, например, бывшее Касимовское ханство.

Словообразовательная модель здесь классическая для русской среды: к тюркскому или арабскому имени Шафир добавили русский патронимический суффикс -ов, означающий принадлежность («чей?» — сын Шафира). Фамилия Шафиров (и Шафирова) не уникальна, но и не массова. Её история тесно связана с известным родом Шафировых, который в XVIII веке дал России дипломата Петра Павловича Шафирова — сподвижника Петра I. Его отец, Павел Филиппович, был переводчиком Посольского приказа, а происходил, по документам, из «шляхетства» (польской или литовской знати), но с явными восточными корнями. Сам Пётр Павлович Шафиров носил фамилию, уже устоявшуюся в русском дворянском роде. Однако основная масса носителей фамилии Шафирова — не потомки той знати, а люди, чьи предки носили имя Шафир в крестьянской или мещанской среде, где фамилии закрепились позже, в XIX веке.

Стоит различать Шафирову и фамилию Шафирова с ударением на первый слог — в таком случае основа могла быть иной: от прозвища Шафир, связанного с тюркским словом «шафыр» (сварливый, бранчивый) или «шапка» (шапка-ушанка), но это менее вероятно. В целом, фамилия Шафирова говорит о том, что предок носителя был человеком, которого звали Шафир, и, скорее всего, он принадлежал к татарской или башкирской культуре, принявшей русскую фамильную систему.