Фамилия Шафирко — один из тех случаев, когда корень слова почти наверняка указывает на еврейское происхождение, а суффикс — на восточнославянскую почву, где фамилия закрепилась. Основа «шафир» восходит к ивритскому слову «шафир» (שָׁפִיר), что означает «красивый», «прекрасный», «приятный». В еврейской ономастике это могло быть как личным именем (встречается, например, в Библии как топоним — Шафир, упомянутый у пророка Михея), так и прозвищем, данным человеку за внешность или характер.

Суффикс «-ко» — типичный уменьшительный или патронимический формант для украинских, белорусских и южнорусских фамилий. Он присоединялся к основе, чтобы образовать фамилию по модели «сын такого-то» или «носитель признака». Таким образом, Шафирко буквально можно понять как «сын Шафира» или «маленький Шафир». В отличие от фамилий на «-ов» или «-ин», которые активнее закреплялись в великорусских губерниях, модель на «-ко» характерна для территории бывшей Речи Посполитой — современной Украины, Беларуси и юго-западных областей России.

Географически фамилия Шафирко сегодня встречается нечасто, но её следы ведут в черту оседлости Российской империи — регионы, где компактно проживало еврейское население. Это Волынь, Подолье, Киевщина, а также южные губернии (Херсонская, Екатеринославская). В метрических книгах и ревизских сказках XIX века Шафирко могли записывать как мещан или купцов. В отличие от многих фамилий, образованных от профессий или названий животных, эта несёт в себе субъективную оценку: предок мог получить прозвище за красоту, статью или, возможно, за то, что его так называли в синагоге.

Стоит отметить, что фамилия Шафирко не имеет отношения к тюркскому слову «шафир» (в значении «посредник» или «заступник»), которое иногда путают с арабским «шафии». Версия с тюркским корнем маловероятна для данной суффиксальной модели — «-ко» почти не встречается в фамилиях татарского или башкирского происхождения. Поэтому основная и самая правдоподобная гипотеза — еврейская основа с восточнославянским оформлением, что типично для фамилий, возникших в среде еврейского населения Украины и Беларуси в XVIII–XIX веках, когда при переходе к обязательным фамилиям (после указов 1804 и 1835 годов) к личным именам и прозвищам добавляли местные суффиксы.