Фамилия Шаганец — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно смотреть не на корень, а на суффикс. Окончание «-ец» в русских фамилиях почти всегда указывает на географическое прозвище: так называли человека по месту, откуда он родом. Шаганец — это тот, кто пришёл из некоего места с основой «Шаган».

Самая вероятная версия — топонимическая. На карте есть несколько объектов с таким названием. Например, река Шаган в Казахстане (приток Урала) или остров Шаган в дельте Волги. В украинских и белорусских землях встречаются сёла с похожими названиями (Шаганово, Шаган). Если предок носителя фамилии переселился оттуда, его в новой местности и прозвали «шаганец» — по реке или селу. Такая модель типична для южнорусских, украинских и белорусских фамилий (ср. Полтавец, Могилевец, Ростовец).

Вторая, менее распространённая версия, отталкивается от личного имени или прозвища. В некоторых говорах «шаган» — диалектное слово, означающее «шатун», «бродяга» или, наоборот, «бойкий, резвый человек». В таком случае Шаганец — это «сын Шагана», то есть потомок человека с таким прозвищем. Однако суффикс «-ец» для отчества нехарактерен (обычно для этого служат -ов, -ин, -ич), поэтому версия с прозвищем слабее.

Фамилия недворянская и нестаринная. Скорее всего, она сформировалась в среде крестьян или казаков не раньше XVII–XVIII веков, когда активно закреплялись уличные и географические прозвища. Встречается она в основном на юге России, в Поволжье и на Украине — там, где есть река Шаган или следы переселенцев из тех мест.

Однокоренных фамилий немного: Шаганов, Шаган, Шагановский. Шаганец стоит особняком — именно благодаря своему «географическому» суффиксу, который сразу выделяет носителя как выходца из конкретного места, а не просто потомка человека с прозвищем.