Фамилия Шакенова — женская форма фамилии Шакенов, и её разбор стоит начать с мужского варианта. Основа «Шакен» почти наверняка восходит к личному имени Шакен, которое представляет собой казахскую или тюркскую форму арабского имени Шакир (от «шакир» — благодарный, признательный). В казахском языке звук «к» в середине слова часто смягчается или переходит в «х», а суффикс «-ен» — типичный для тюркских имён уменьшительно-ласкательный или просто словообразовательный элемент (сравните: Бакен, Жакен, Кенжен). Таким образом, Шакен — это «маленький Шакир» или «Шакир» в бытовом, домашнем произношении.

Фамилия образована по классической русской модели с суффиксом «-ов», который в тюркоязычных регионах, особенно в Казахстане, приращивался к местным именам в период русификации документов в XIX–XX веках. Это типичная «фамилия-патроним»: Шакенов буквально значит «сын (или потомок) Шакена». Встречается она преимущественно среди казахов, а также у татар и башкир, где имя Шакен также бытовало, хоть и реже.

Интересная деталь: в некоторых диалектах и старых записях фамилия могла фиксироваться как Шакинов — от более полной формы имени Шакир. Вариант Шакенов закрепился из-за того, что в устной речи окончание «-ир» редуцировалось, а в документах записывали то, что слышали. Поэтому, если искать корни, можно наткнуться на однокоренные фамилии Шакиров, Шакеров, Шакенов — все они, скорее всего, восходят к одному арабскому корню со значением «благодарность».

Сословно носители фамилии не принадлежали к дворянству — это фамилия крестьян, скотоводов и ремесленников, получивших её при переписях. Исключения случались, если Шакен оказывался уважаемым аксакалом или баем, но документальных подтверждений этому по фамилии в целом нет. Географически фамилия распространена в Казахстане (особенно в Северо-Казахстанской, Акмолинской и Карагандинской областях), а также среди казахской диаспоры в России и Узбекистане.