Фамилия Шалагон — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, -ев или -ин, она заканчивается на -он, что сразу наводит на мысль о западном или южнославянском влиянии. Скорее всего, перед нами не исконно русское образование, а фамилия, пришедшая с территории Украины, Беларуси или Польши.

Самый вероятный корень — слово «шалаг» или «шалага». В южных и западных говорах так называли шалаш, временное жильё, балаган. В украинском языке «шалаш» — это шалаш, а «шалаговий» — относящийся к чему-то лёгкому, неосновательному. Отсюда прозвище Шалага могли дать человеку, который жил в шалаше, был строителем временных укрытий или, в переносном смысле, — человеку бедному, без постоянного крова. Суффикс -он в фамилии Шалагон — это, вероятно, украинский или польский патронимический элемент, означающий «сын Шалаги» или «потомок Шалаги». То есть первоначально фамилия звучала как «Шалагин сын», но со временем закрепилась в форме Шалагон.

Есть и другая, менее распространённая версия. В некоторых диалектах «шалага» означало «кривой, косой» или «неуклюжий человек». Тогда прозвище отражало внешность или манеру поведения. Но эта гипотеза слабее, так как не имеет широкой лексической поддержки.

Географически фамилия Шалагон наиболее вероятна для запада современной России, а также для восточных областей Украины и Беларуси. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении — возможно, от конкретного прозвища в одном селе или местечке. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками, поскольку прозвища, связанные с бытом и жильём, типичны для непривилегированных слоёв.

Таким образом, фамилия Шалагон — это прозвище, перешедшее в фамилию, с основой «шалаг» (шалаш) и патронимическим суффиксом. Предок носителя мог быть строителем шалашей, жить в них или просто получить прозвище по месту обитания.