Фамилия Шалайкиеа — редкий и необычный случай, который заставляет задуматься о её происхождении. В русской ономастике нет устоявшейся модели с таким окончанием, что сразу подсказывает: фамилия, скорее всего, нерусская по корню, но могла быть адаптирована на русской почве. Первое, что бросается в глаза, — финаль «-иа», которая совершенно нехарактерна для славянских фамилий. Она напоминает греческие (например, фамилии на «-иадис», «-опулос»), румынские (окончание «-я» или «-еа») или даже литовские окончания. Однако в русском языке такое окончание могло появиться при передаче иностранной фамилии через документы, где её «обрусели» путём добавления типичного суффикса притяжательности.

Вероятнее всего, основа «Шалайк-» восходит к прозвищу или имени. В русских говорах слово «шалай» или «шалайка» могло означать нечто мелкое, несерьёзное или шаловливое (сравните с диалектным «шалай» — повеса, озорник, или «шалапай» — нерадивый человек). В таком случае фамилия могла образоваться от прозвища Шалайка — так в деревне могли прозвать бойкого, непоседливого человека. Суффикс «-иа» в таком контексте выглядит чужеродно. Возможно, изначально фамилия звучала как Шалайкин (от «чей?» — Шалайкин сын), но при переписи или в силу местного говора окончание исказилось. Например, в некоторых южнорусских и украинских говорах «-ий» могло перейти в «-иа» под влиянием местной фонетики или канцелярской ошибки.

Другая версия — фамилия могла быть искусственно создана в духовной среде. В семинариях нередко давали фамилии ученикам по названиям церковных праздников, имён святых или по греческим корням. «Шалайкиеа» могло быть переделкой греческого слова, но прямых параллелей нет. Третья, более экзотическая гипотеза — фамилия имеет финно-угорские корни (например, от карельского или вепсского слова, означающего «шум», «гам»), и окончание «-иа» — это след родового суффикса. Однако доказательств этому мало.

Географически фамилия почти не встречается в современных базах данных. Если искать её в исторических списках, то вероятнее всего она могла возникнуть на границе русских и литовских земель (в Псковской, Смоленской губерниях) или в среде старообрядцев, где иногда фиксировались необычные варианты написания фамилий. Наиболее правдоподобная версия — это искажённая форма от Шалайкин или Шалайков, где конечное «-иа» появилось из-за особенностей диалекта или ошибки писаря. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а прозвище Шалайка указывало на их живой, непоседливый нрав.