Фамилия Шалинский — яркий пример того, как географическая привязка становится личным именем рода. Её основа — топоним, то есть название места, а суффикс -ский прямо указывает на связь с этим местом. В русской ономастике фамилии на -ский традиционно были принадлежностью дворянства и духовенства, но со временем распространились и среди других сословий, особенно на западе и юге России, а также в Беларуси и на Украине.

Корень «Шалин-» восходит к названиям населённых пунктов, которых в России и сопредельных странах несколько. Самые известные — село Шалинское в Красноярском крае (административный центр Манского района) и посёлок Шали в Чечне, от которого могла образоваться форма «Шалинский» как указание на выходца из этого города. Однако есть и более мелкие деревни с похожими названиями, например, Шалино в Нижегородской или Псковской областях. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть помещиком, владевшим землёй в таком селе, священником при местном храме или просто крестьянином, которого записали по месту жительства.

Менее вероятна, но возможна версия происхождения от прозвища или нецерковного имени Шаля. В старину «шалить» означало не только баловаться, но и проказничать, дурить. Человек с прозвищем Шаля — озорник, весельчак. От него по модели «чей?» могла возникнуть фамилия Шалин, а от неё, уже через добавление дворянского суффикса, — Шалинский. Но эта цепочка сложнее, и для фамилии с суффиксом -ский топонимическое объяснение остаётся первым и самым естественным.

Написание фамилии двойное «н» в суффиксе — грамматическая норма: прилагательное от названия «Шали» или «Шалино» образуется именно так (сравните: Москва — московский, но Балашиха — балашихинский). Фамилия эта не самая частая, но и не уникальная: её носители встречаются в Сибири, на Урале и в центральных областях России, что подтверждает разброс исходных топонимов.