Фамилия Шалихин образована по редкой, но показательной для русского севера и востока модели — с суффиксом -ихин. В русской ономастике суффикс -их-/-ых- указывает на принадлежность к роду: Шалихин — это «сын Шалихи» или «из семьи Шалихи». Такая форма типична для северных и сибирских говоров, где фамилии на -ихин, -ов, -ев встречаются чаще, чем в центральной России.

Основа фамилии — прозвище Шалиха. Его корень, скорее всего, связан с глаголом «шалить» — в древнерусском языке «шалить» означало не только баловаться, но и «проказничать», «озорничать», а иногда и «обманывать». Шалихой могли прозвать человека непоседливого, склонного к шалостям или плутовству. В некоторых говорах «шалиха» — это и женщина-проказница, но в прозвище мужчины такой суффикс (-их-а) мог придавать оттенок иронии или подчёркивать характерную черту.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «шали» (шаль, платок) или диалектным «шалиха» — вид одежды. Но она слабая, потому что фамилия встречается в регионах, где тюркское влияние не было основным, а прозвищная модель от глагола «шалить» объясняет всё проще и естественнее.

Фамилия Шалихин редкая, её носители в основном живут в Поволжье и на Урале — в Кировской области, Пермском крае, Удмуртии. Это совпадает с ареалом фамилий на -ихин, которые там сохранились лучше, чем в других частях России. По сословной принадлежности предки Шалихиных, скорее всего, были государственными или черносошными крестьянами — не крепостными, а лично свободными земледельцами. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии часто фиксировались именно у крестьянского населения северных уездов.